Выписать жену с ребёнком можно в данном случае если закончил своё действие договор найма жилого помещения, либо же (в отношении жены), если она перестала быть супругой военного которому предоставлялось жилое помещение. В этом случае могут по требованию МО (я так понимаю, МО предоставляло жильё) выселить и в никуда. Но это процесс в любом случае длительный и по опыту те же 2-3 месяца будет происходить как правило, а то и дольше. Так что в данном случае возможно есть смысл дождаться когда будет куда перерегистрироваться. Причём и мама и ребёнок должны быть зарегистрированы в 1 месте.

Если же она по прежнему супруга и член семьи, срок найма не закончился и нет другого жилья, то снять с регистрации думаю не получится.

Жилищный Кодекс

Статья 101. Расторжение договора найма специализированного жилого помещения

1. Договор найма специализированного жилого помещения может быть расторгнут в любое время по соглашению сторон.

2. Наниматель специализированного жилого помещения в любое время может расторгнуть договор найма специализированного жилого помещения.

3. Договор найма специализированного жилого помещения может быть расторгнут в судебном порядке по требованию наймодателя при неисполнении нанимателем и проживающими совместно с ним членами его семьи обязательств по договору найма специализированного жилого помещения, а также в иных предусмотренных статьей 83 настоящего Кодекса случаях.

Статья 102. Прекращение договора найма специализированного жилого помещения

1. Договор найма специализированного жилого помещения прекращается в связи с утратой (разрушением) такого жилого помещения или по иным предусмотренным настоящим Кодексом основаниям.

Я жена военнослужащего, мы ещё состоим в официальном браке (до окончания его контракта). Но вместе более двух лет не живем... Мужа перевели по службе в другой город, где он снимал квартиру за свой счет. Хочет сдать служебную квартиру, где мы прописаны и получить её по месту прохождения службы.

вопрос не в его "хотении", а в его обязанности. Для балансодержателя квартиры (МО)-ваши межличностные отношения не имеют значения. Де-факто жена-должна следовать за мужем.